Το 65ο Γυμνάσιο Αθηνών ιδρύθηκε το 1984 στα Κάτω Πατήσια στην διασταύρωση των οδών Μηλιαράκη και Ρεγκούκου.
Μέχρι το 1996 συστεγαζόταν με το 65ο Λύκειο Αθηνών σε εναλλασσόμενη διπλή βάρδια.
Το 1996, το 65 Γυμνάσιο Αθηνών έγινε ανεξάρτητο με πρωινή βάρδια διότι το αντίστοιχο Λύκειο απέκτησε δικό του κτήριο στην οδό Νιρβάνα 42 στα Κάτω Πατήσια.